一般来说，公司内部股权转让意味着转让方和受让方经协商一致后，通过签署转让协议并办理登记，即可完成股权转让。故这种股权转让方式分为两个步骤：第一，出让方和受让方签署股权转让协议。该转让协议应当采用书面合同形式，并载明出让的数量、价格以及双方商定的其他交易条件。该合同经双方签署后生效，任何一方不履行股权转让协议的，应当向对方承担违约责任。第二，办理与股权转让相关的公司变更登记。股权转让只与公司的变更登记有关，故相关的公司变更登记应当由出让方、受让方和公司三方共同完成。为了避免办理登记中出现障碍，股东之间可就办理公司变更登记手续的责任事先确定。
我国《公司法》对公司内部股权转让没有作出具体规定，这一方面会使股东之间可以更自由地进行协商，但在另一方面，也会导致某些不当后果。特别是当若干股东均有意受让出资时，拟受让的股东间容易发生冲突和矛盾。如甲、乙、丙三方曾按照同等比例共同出资设立有限责任公司，经过一段经营后，丙方决定以内部转让方式退出公司，甲和乙均提出接受丙转让的出资，且各方提出的受让条件相同。在此情况下，有三种可能：一是丙方将其出资全部转让给甲、乙中的一方；二是丙方将其出资等份地转让甲、乙双方；三是丙方将其出资不均等地转让给甲乙双方。如果甲、乙对上述三种情况均自愿接受，依照合同自主原则，各方通过协商已深明其后果，当然不发生问题和争议。但如果甲、乙均坚持单方全部购买丙方转让的出资或者购买丙转让的大部分出资，丙方若不同等地转让其出资，就必然会打乱原有的资本结构，形成一方股东对公司的实际控制权。依照合同自愿原则，这种安排并无不妥，但就改变公司资本结构来看，似乎存在强制法施加干预的必要。显然，最好的方法是签署章程时出资各方就类似问题作出安排，如果签署章程时未作安排，则推定转让方应按均等比例转让给其余各方股东。这种推定虽然有碍于合同自主原则，但却有利于受让出资各方在未来的良好合作。