初始章程是股东协商一致的结果，体现了股东利益的最大化，只要不违反法律强制性规范，一般应受到法律的尊重。这是因为当事人最清楚自己的利益所在，他们协商一致的结果不仅满足了自身的需要，也使社会效益得到增加。而公司章程修改体现合意远不如初始章程充分，这时公司自治受到蒙蔽，因此公司章程修正案不能仅以公司自治为由变更股东的权利义务，还应遵守以下具体规则。
首先，公司章程修正案要遵守《公司法》的强制性规范，包括《公司法》明确的强制性规定和《公司法》的基本原则。比如，非经股东一致同意，公司章程的修正案不得为部分股东设定新权利，否则将因与股东平等原则相悖而无效。如果股东一致同意为部分股东设定新权利，可以视为其他股东对权利的自由处分，这时如果不违反其他强制性法律规范，法律就予以尊重。
其次，非经股东同意或者有正当理由，公司章程修正案不得变更该股东既得权或为其设定新义务。股东同意变更其既得权利或设定新义务，是股东对其权利的自由处分，法律一般予以尊重；有正当理由，比如，股东未履行或者未全面履行出资义务或者抽逃出资，公司章程修正案对其利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等股东权利作出相应的合理限制，这符合权利义务相一致原则和公平正义的理念，法律也应予以尊重。而没有正当理由或者未经股东本人同意，公司章程修正案擅自取消该股东既有权利或者为该股东增设义务，这不仅违反股东平等原则，而且违背该股东加入公司之初对公司和其他股东的合理期待，并且多数一方股东背弃了信义义务。为保护股东合理期待利益及正当权益，应该认定此修正案对该股东没有拘束力。因为“资本多数决的逻辑本身即隐含着少数股东对多数股东将其意志拟制为公司意志的正当性和合理性期望。没有对少数股东对多数股东这种合理期待的保护，就没有多数治理”。故法律必须保护股东的这种合理期待，以维持公司股东之间的信任关系和公司的存续。
最后，公司章程修正案变更股东的权利义务必须符合以上两规则，否则将被认定为无效或对未同意的股东没有约束力。